三类医疗器械经营许可证和二类医疗器械经营备案凭证存在多方面的区别，具体如下：

管理类别与办理要求：

三类医疗器械经营许可证：三类医疗器械风险程度较高，对其经营实施许可管理。办理时除了需要具有与经营范围和经营规模相适应的质量管理机构或者质量管理人员、经营及贮存场所、贮存条件、质量管理制度等条件外，还需要有符合医疗器械经营质量管理要求的计算机信息管理系统，以此来保证经营的产品可追溯。部分高风险的三类医疗器械经营，对人员的专业要求更高，比如经营体外诊断试剂、植入类器材等，可能需要相关专业背景且有一定工作经验的人员。

二类医疗器械经营备案凭证：二类医疗器械风险程度相对较低，实行备案管理。要求具有与经营范围和经营规模相适应的质量管理机构或者质量管理人员、经营及贮存场所等，但通常对计算机信息管理系统没有强制要求（不过企业自身建立良好的信息管理系统有助于经营管理）。

证书内容：

三类医疗器械经营许可证：载明许可证编号、企业名称、法定代表人、企业负责人、住所、经营场所、经营方式、经营范围、库房地址、发证部门、发证日期和有效期限等事项。

二类医疗器械经营备案凭证：载明编号、企业名称、法定代表人、企业负责人、住所、经营场所、经营方式、经营范围、库房地址、备案部门、备案日期等事项。相比之下，三类许可证多了有效期限的明确标注。

证书有效期：

三类医疗器械经营许可证：有效期为 5 年，有效期届满需要向原发证部门提出延续申请。

二类医疗器械经营备案凭证：目前没有规定有效期，但如果企业的相关信息（如企业名称、法定代表人、经营场所等）发生变更，需要及时办理变更备案手续。

办理流程及审批难度：

三类医疗器械经营许可证：办理流程相对复杂，审批更为严格。一般需要经过申请、资料审核、现场审查（部分地区会根据实际情况安排现场核查企业的场地、设备、人员等是否符合要求）、审评、公示、发证等多个环节，办理时间较长，通常需要 1-6 个月左右（具体因地区和具体情况而异）。

二类医疗器械经营备案凭证：办理流程相对简单，审批难度较低。一般只需提交相关资料进行备案，部分地区可能在 2-3 个工作日内就能完成办理，通常不需要现场核查1。

经营权限：

三类医疗器械经营许可证：持有该许可证的企业可以合法经营批准范围内的三类医疗器械。三类医疗器械通常用于植入人体、支持或维持生命等，对人体具有较高的潜在风险，如心脏起搏器、人工关节、血管支架等，因此经营要求和监管力度都较高。

二类医疗器械经营备案凭证：企业取得备案凭证后，只能销售批准范围内的二类医疗器械。二类医疗器械风险程度中等，包括一些常见的医疗设备和器械，如体温计、血压计、血糖仪、医用口罩等。