医疗器械经营备案凭证遗失后，补办流程通常如下：

登报声明16：

准备声明材料：企业需准备公司营业执照副本、法定代表人身份证明、备案凭证遗失的详细情况说明以及公司的公章等材料，用于后续的登报声明1。

选择正规报刊：要在省级以上公开发行的报纸上刊登遗失声明。选择时需确保其具有广泛的发行范围和公信力，以保证声明的法律效力。声明内容需包含备案凭证的基本信息（如企业名称、备案凭证编号等）、遗失时间、遗失原因以及企业的联系方式等1。

保留报纸原件：登报完成后，要妥善保留登有遗失声明的报纸原件，后续补办时需要提交。

提交补办申请：

填写申请表：填写《医疗器械备案凭证补发申请表》，申请表的内容应真实、准确、完整，包括企业基本信息、备案凭证遗失情况等245。

准备其他材料：除了申请表和登报声明的报纸原件外，还可能需要提供申请人身份证明（如法定代表人身份证复印件等）、企业授权委托书（如果是委托他人办理）等相关证明材料26。

提交申请：将上述材料一并提交给原备案机关。可以根据当地的具体要求，选择现场提交或通过网上政务服务平台提交申请34。

审核与补发1：

审核：备案机关会对企业提交的补办申请材料进行审核，确认材料的真实性、完整性和合法性。

补发凭证：审核通过后，备案机关会为企业补发新的医疗器械经营备案凭证。企业可以根据通知选择现场领取或邮寄的方式获取新的备案凭证24。

不同地区的具体补办要求和流程可能会略有差异，建议企业在补办前先咨询当地的药品监督管理部门或相关政务服务窗口，以便准确了解当地的具体要求和办理流程246。