申请食品经营许可证的费用因办理方式和地区而异：

自行办理789：

费用：一般只收取工本费，通常在几十元到几百元不等。有些地区可能免费办理，具体金额需要咨询当地的市场监督管理部门。

委托代理机构办理：

费用构成：包括代理机构的服务费、材料准备费以及可能涉及的其他相关费用2。

价格范围：代理费用通常在 2000 元到 5000 元左右。比如在一些经济发展水平一般、办理难度相对较小的地区，费用可能在 2000 元左右；而在经济发达地区或者办理要求较高、流程较为复杂的地区，费用可能会达到 5000 元甚至更高345。

如果时间和精力允许，自行办理食品经营许可证更为经济实惠；如果希望节省时间和精力，且对费用不太敏感，可以选择委托代理机构办理2。在办理之前，建议咨询当地相关部门或代理机构，了解具体的费用标准。